區域發展不平衡是我國發展中長期存在的問題，也是全面建成小康社會、實現社會主義現代化進程中必須解決的問題。“十三五”時期深入實施區域發展總體戰略，推動區域協調發展，需要深入把握區域協調發展的新內涵，進一步創新促進區域協調發展的思路和機制。
　　
　　更加注重區域分工合作。區域之間的同質化競爭一直是困擾我國區域發展的突出問題，不僅造成資源要素在空間上的錯配和效率損失，還導致產能過剩、惡性競爭等問題。因此，亟須改變這種區域之間缺乏專業化分工合作、過度同質化競爭的發展方式，促使各區域發展立足本地資源優勢，通過區域之間的協同，強化功能分工與專業化協作，貫通區域之間的產業鏈、價值鏈，形成優勢互補、相互促進的協同發展新格局。
　　
　　更加注重區域公平。隨著經濟活動復雜性不斷增強以及發展階段變化，人才、技術、資本等要素對區域經濟的影響越來越顯著，而這些要素在空間上表現出較強的規模集聚和壟斷競爭特性，客觀上會加劇經濟發展在地理空間上的不平衡。因此，新時期的區域協調發展應在遵循這一規律的前提下，重視地區之間基本公共服務均等化，加快建立區際利益平衡機制，以維護區域公平。
　　
　　更加注重可持續發展。在持續多年的經濟快速增長之后，我國部分地區資源環境承載力下降，環境污染、生態退化問題越來越突出，區域性環境風險顯現，對人們的生產生活產生了嚴重影響。區域協調發展不僅要關注區域經濟增長、區域分配公平等問題，還要重視區域發展的可持續性，讓經濟發展和環境保護、生態建設相得益彰。
　　
　　根據區域協調發展新內涵推動區域協調發展，關鍵在于體制機制創新。當前，尤須建立以下幾方面的機制。
　　
　　建立區域發展綜合決策機制。包括各區域之間發展政策的溝通、不同類型規劃的協調與銜接等，避免出現矛盾沖突。這是確保區域分工合作、協調發展不斷深化的前提條件。同時，這一決策機制也有利于規范各類區域主體的行為。
　　
　　建立要素流動、利益共享機制。這是區域之間能否實現協調發展的核心所在。如果要素在空間上不能順暢有序流動，各區域的資源優勢就無法整合，協調發展也就無從談起。同樣，如果區域分工與合作的收益分配出現失衡，就不僅背離了協調發展的預期目標，在實踐中也難以持續。
　　
　　建立激勵約束機制。區域協調發展是基于全國“一盤棋”發展思路的戰略部署。促進區域協調發展，要兼顧效率、公平、可持續等多重目標，必然會涉及不同區域的利益調整與平衡。這就需要創新財稅、規劃、環境、土地、政績考核等政策工具，建立促進區域協調發展的激勵約束機制。